綜合規劃課
● 先進運輸系統之路網、 路線、場站規劃與相關公共設施之配合規劃及營運規劃。
● 前目事項之人力規劃與培訓、財務規劃、環境影響評估及運輸系統整合等相關事項。
● 不屬其他各課事項。
● 其他有關綜合規劃事項。
工程管理課
●先進運輸系統之工程路線、場站與附屬設施調查等相關事項。
●土木、建築、景觀、水電環控等工程之設計、發包及施工管理。
●其他有關工程管理事項。
系統工程課
●先進運輸系統之車輛、號誌、通訊、電力、月台門、自動收費、電梯、電扶梯與機廠等設施之規劃、設計、採購、安裝、測試、審查、驗收、運轉、維修、系統整合、獨立查證及確證（IV&V）。
●其他有關系統工程事項。
開發路權課
●先進運輸系統之用地取得、路權管理、都市計畫、土地開發及開發契約等相關事項。
●本市軌道建設發展基金之管理。
●其他有關開發路權事項。
