綜合規劃課
先進運輸系統(捷運)路線可行性研究案及綜合規劃案推動,包含場站規劃、公共運輸系統整合、營運規劃、財務規劃、環境影響評估、都市計畫變更作業,其他主管機關交辦事項。
工程管理課
先進運輸系統(捷運)路線可行性研究案及綜合規劃案推動,包含路線及其他附屬建築之土木工程、結構工程、景觀設計、機電及車輛號誌技術;人力規劃、培訓及其他主管機關交辦事項。
系統工程課
先進運輸系統之車輛、號誌、通訊、電力、月台門、自動收費、電梯、電扶梯與機廠等設施之規劃、設計、採購、安裝、測試、審查、驗收、運轉、維修、系統整合、獨立查證及確證(IV&V)及其他有關系統工程事項。
開發路權課
先進運輸系統之用地取得、路權管理、都市計畫、土地開發及開發契約等相關事項、本市軌道建設發展基金之管理、其他有關開發路權事項。