乘客可投現或持電子票證搭乘，上車投現不找零，請乘客須自備足零錢。為便利乘客搭乘，大台南公車推動多卡通整合電子票證，目前可受理悠遊卡、一卡通及愛金卡2.0等票卡。 使用電子票證搭乘大台南公車，請確實上下車都刷卡，避免因未完成驗卡程序，導致票證鎖卡，影響使用功能。 另「橘9線（佳里—學甲—嘉義高鐵）」及「橘9-1線（佳里—麻豆—嘉義高鐵）」可使用電子支付方式乘車（LINE Pay Money乘車碼），且上下車須確實掃碼。
